sconify

doi:10.18129/b9.bioc.sconify

此软件包适用于生物导体的3.10版;对于稳定的最新版本,请参阅sconify

用于执行基于KNN的流量和质量细胞术数据的工具包

生物导体版本:3.10

该软件包可以使用流量和质量细胞仪数据进行基于K-Near的邻居统计数据和可视化。这提供了TSNE地图“折叠更改”功能,并通过评估预期相同的FCS文件之间的歧管重叠来提供数据质量指标。与原始歧管相比,使用此软件包的其他应用程序包括插补,标记冗余和测试较低尺寸嵌入的相对信息损失。

作者:泰勒·J·伯恩斯

维护者:tyler j burns

引用(从r内,输入引用(“ sconify”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ sconify”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“ sconify”)

html R脚本 数据质量
html R脚本 Scone的最终后处理步骤
html R脚本 寻找理想的k
html R脚本 一般SCONE分析
html R脚本 如何处理FCS文件以在R中用于下游使用
PDF 参考手册

细节

生物浏览 流程仪,,,,免疫学,,,,多重组合,,,,Singlecell,,,,软件,,,,可视化
版本 1.6.0
在生物导体中 Bioc 3.7(R-3.5)(2年)
执照 艺术2.0
要看 R(> = 3.5)
进口 蒂布尔,,,,dplyr,,,,fnn,,,,流核,,,,RTSNE,,,,GGPLOT2,,,,马格里特,utils,统计,readr
链接
建议 尼特,,,,rmarkDown,,,,测试
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 sconify_1.6.0.tar.gz
Windows二进制 sconify_1.6.0.zip(32-和64位)
Mac OS X 10.11(El Capitan) sconify_1.6.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sconify
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/sconify
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/sconify/
软件包下载报告 下载统计

文档»

生物导体

r/克兰软件包和文档

支持»

请阅读发布指南。向以下位置之一发布有关生物导体的问题:

  • 支持网站- 有关生物处理套件的问题
  • 正常词 邮件列表 - 包装开发人员bob电竞体育官网