斯坦

DOI:10.18129 / B9.bioc.STAN

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见斯坦．

基因组状态注释包

Bioconductor版本:3.10

基于隐马尔可夫模型的基因组分割已经成为一种用于标记基因组元素(如启动子和增强子)的有效工具。STAN(基因组状态注释)使用各种不同的概率分布实现(双向)隐马尔可夫模型(hmm)，它可以对当前广泛的基因组数据进行建模(例如连续的、离散的、二进制的)。STAN de novo学习并将基因组注释为给定数量的“基因组状态”。例如，“基因组状态”可以反映不同的基因组相关蛋白复合体(例如。“转录状态”)或描述染色质特征的重复模式(称为“染色质状态”)。与其他工具不同，STAN还允许整合特定链(如RNA)和非特定链数据(如ChIP)。

作者:Benedikt Zacher, Julia Ertl, Rafael Campos-Martin, Julien Gagneur, Achim Tresch

维护者:Rafael campos - martin

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("STAN")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“斯坦”)

PDF	R脚本	基因组状态注释包
PDF		参考手册

细节

biocViews	ChIPSeq，ChipOnChip，GenomeAnnotation，HiddenMarkovModel，ImmunoOncology，微阵列，RNASeq，测序，软件，转录
版本	2.14.0
在Bioconductor	BioC 3.0 (R-3.1)(5.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	方法,poilog、并行
进口	GenomicRanges，IRanges，S4Vectors，BiocGenerics，GenomeInfoDb，Gviz，Rsolnp
链接
建议	BiocStyle，gplots，knitr
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	STAN_2.14.0.tar.gz
Windows二进制	STAN_2.14.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	STAN_2.14.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/STAN
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/STAN
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/STAN/
软件包下载报告	下载数据