海绵

DOI:10.18129 / B9.bioc.SPONGE

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅海绵

稀疏的部分基因表达的相关性

Bioconductor版本:3.10

这个包提供了一些方法有效检测竞争力内生RNA两个基因之间的相互作用。这种相互作用是由一个或多个microrna基因和microrna的表达数据,需要大量的样本作为输入。

作者:马库斯列表,Azim Dehghani Amirabad,丹尼斯Kostka,马塞尔·h·舒尔茨

维修工:马库斯列表<马库斯。在wzw.tum.de列表>

从内部引用(R,回车引用(“海绵”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“海绵”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“海绵”)

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文本 新闻

细节

biocViews GeneExpression,GeneRegulation,NetworkInference,回归,软件,SystemsBiology,转录,转录组
版本 1.8.0
Bioconductor自 BioC 3.6 (r - 3.4)(2.5年)
许可证 GPL (> = 3)
取决于 R (> = 3.4)
进口 Biobase统计数据,ppcor,日志记录,foreach,doRNG,data.table,质量,expm,gRbase,glmnet,igraph,迭代器
链接
建议 testthat,knitr,rmarkdown,visNetwork,ggplot2,ggrepel,gridExtra,消化,doParallel,bigmemory
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 SPONGE_1.8.0.tar.gz
Windows二进制 SPONGE_1.8.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) SPONGE_1.8.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SPONGE
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/海绵
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/SPONGE/
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