SNPchip

DOI:10.18129 / B9.bioc.SNPchip

这个包是弃用。它可能会被从生物导体中移除。请参阅包临终的指导方针为更多的信息。

此包适用于Bioconductor的3.10版本。这个包已经从Bioconductor中移除。有关最后一个稳定的、最新的发布版本,请参见SNPchip

可视化副本数量的改变

Bioconductor版本:3.10

绘制SNP阵列数据的函数;由于历史原因而维护

作者:Robert Scharpf 和Ingo Ruczinski

维护者:Robert Scharpf

引文(从R中输入引用(“SNPchip”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!require ("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

有关较旧版本的R,请参阅适当的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“SNPchip”)

PDF R脚本 绘制染色体组型
PDF 参考手册

细节

biocViews CopyNumberVariation,GeneticVariability,单核苷酸多态性,软件,可视化
版本 2.32.0
Bioconductor自 BioC 2.0 (R-2.5)(13年)
许可证 LGPL (> = 2)
取决于 R (> = 2.14.0)
进口 方法、图形晶格、网格foreach跑龙套,Biobase,S4Vectors(> = 0.9.25),IRanges,GenomeInfoDb,GenomicRanges,SummarizedExperiment,oligoClasses(> = 1.31.1)
链接
建议 crlmm(> = 1.17.14),RUnit
SystemRequirements
增强了 doSNOW,VanillaICE(> = 1.21.24),RColorBrewer
URL http://www.biostat.jhsph.edu/~iruczins/software/snpchip.html
取决于我 mBPCR
进口我 crlmm,phenoTest
建议我 MinimumDistance,oligoClasses,VanillaICE
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包 SNPchip_2.32.0.tar.gz
Windows二进制 SNPchip_2.32.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) SNPchip_2.32.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SNPchip
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SNPchip
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/SNPchip/
包下载报告 下载数据

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Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

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  • 支持网站-关于生物导体封装的问题
  • 正常词 邮件列表-为包开发人员bob电竞体育官网