SNPchip

DOI:10.18129 / B9.bioc.SNPchip

这个包是弃用。它可能会被从生物导体中移除。请参阅包临终的指导方针为更多的信息。

此包适用于Bioconductor的3.10版本。这个包已经从Bioconductor中移除。有关最后一个稳定的、最新的发布版本，请参见SNPchip。

可视化副本数量的改变

Bioconductor版本:3.10

绘制SNP阵列数据的函数;由于历史原因而维护

作者:Robert Scharpf 和Ingo Ruczinski

维护者:Robert Scharpf

安装

要安装此包，请启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!require ("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“SNPchip”)

PDF	R脚本	绘制染色体组型
PDF		参考手册

细节

biocViews	CopyNumberVariation,GeneticVariability,单核苷酸多态性,软件,可视化
版本	2.32.0
Bioconductor自	BioC 2.0 (R-2.5)(13年)
许可证	LGPL (> = 2)
取决于	R (> = 2.14.0)
进口	方法、图形晶格、网格foreach跑龙套,Biobase,S4Vectors(> = 0.9.25),IRanges,GenomeInfoDb,GenomicRanges,SummarizedExperiment,oligoClasses(> = 1.31.1)
链接
建议	crlmm(> = 1.17.14),RUnit
SystemRequirements
增强了	doSNOW,VanillaICE(> = 1.21.24),RColorBrewer
URL	http://www.biostat.jhsph.edu/~iruczins/software/snpchip.html
取决于我	mBPCR
进口我	crlmm,phenoTest
建议我	MinimumDistance,oligoClasses,VanillaICE
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	SNPchip_2.32.0.tar.gz
Windows二进制	SNPchip_2.32.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	SNPchip_2.32.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SNPchip
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SNPchip
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SNPchip/
包下载报告	下载数据