SNPRelate

DOI:10.18129 / B9.bioc.SNPRelate

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本,请参见SNPRelate

SNP数据相关性和主成分分析的并行计算工具集

Bioconductor版本:3.10

全基因组关联研究(GWAS)被广泛用于研究疾病和性状的遗传基础,但它们提出了许多计算挑战。我们开发了一个R包SNPRelate,利用CoreArray基因组数据结构(GDS)数据文件为GWAS中的单核苷酸多态性(SNP)数据提供二进制格式。GDS格式提供了专门为具有两个比特的整数设计的有效操作,因为SNP只能占用两个比特。SNPRelate还设计用于多核对称多处理计算机体系结构的并行计算,加速SNP数据上的两个关键计算:主成分分析(PCA)和使用身份-下降测量的相关性分析。在S4类和泛型函数的支持下,GWASTools包也使用了SNP GDS格式。扩展的GDS格式在SeqArray包中实现,以支持全基因组和全外显子组变异数据中的单核苷酸变异(SNVs)、插入/删除多态性(indel)和结构变异调用的存储。

作者:郑秀文[aut, cre, cph], Stephanie Gogarten [ctb], Cathy Laurie [ctb], Bruce Weir [ctb, ths]

维护者:郑秀文

引文(从R内,输入引用(“SNPRelate”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("SNPRelate")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“SNPRelate”)

超文本标记语言 R脚本 SNPRelate教程
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文本 新闻

细节

biocViews 遗传学基础设施PrincipalComponent软件StatisticalMethod
版本 1.20.1
在Bioconductor BioC 3.0 (R-3.1)(5.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 2.15),gdsfmt(> = 1.8.3)
进口 方法
链接 gdsfmt
建议 平行,矩阵RUnitknitr质量BiocGenerics
SystemRequirements
增强了 SeqArray(> = 1.12.0)
URL http://github.com/zhengxwen/SNPRelatehttp://corearray.sourceforge.net/tutorials/SNPRelate/
BugReports http://github.com/zhengxwen/SNPRelate/issues
全靠我 SeqSQC
进口我 CNVRangerGDSArray《创世纪》gwasurvivrVariantExperiment
建议我 GWASToolsHIBAGSAIGEgdsSeqArray
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 SNPRelate_1.20.1.tar.gz
Windows二进制 SNPRelate_1.20.1.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan) SNPRelate_1.20.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SNPRelate
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SNPRelate
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/SNPRelate/
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