SIMD

DOI:10.18129 / B9.bioc.SIMD

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见SIMD．

使用MeDIP-seq数据(SIMD)进行统计推断，以推断每个CpG位点的甲基化水平

Bioconductor版本:3.10

该软件包提供了一种推断分析方法，用于检测MeDIP-seq数据中差异表达的CpG位点。它使用统计框架和EM算法，识别差异表达的CpG位点。本文中描述的方法在这个包的微分Methylation-level推论和检测甲基化与Medip-seq数据“燕周、朱Jiadi, Mingtao赵,Baoxue张Chunfu江,龚喜颜杨(2018年,即将出版)。

作者:周燕

维护者:朱佳迪<2160090406 at email.szu.edu.cn>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("SIMD")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“SIMD”)

超文本标记语言	R脚本	SIMD教程
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，DifferentialMethylation，ImmunoOncology，SingleCell，软件
版本	1.4.0
在Bioconductor	BioC 3.8 (R-3.5)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.5.0)
进口	刨边机，statmod，methylMnM，统计，效用
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	SIMD_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	SIMD_1.4.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	SIMD_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SIMD
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SIMD
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SIMD/
软件包下载报告	下载数据