SIMD

DOI:10.18129 / B9.bioc.SIMD

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本,请参见SIMD

使用MeDIP-seq数据(SIMD)进行统计推断,以推断每个CpG位点的甲基化水平

Bioconductor版本:3.10

该软件包提供了一种推断分析方法,用于检测MeDIP-seq数据中差异表达的CpG位点。它使用统计框架和EM算法,识别差异表达的CpG位点。本文中描述的方法在这个包的微分Methylation-level推论和检测甲基化与Medip-seq数据“燕周、朱Jiadi, Mingtao赵,Baoxue张Chunfu江,龚喜颜杨(2018年,即将出版)。

作者:周燕

维护者:朱佳迪<2160090406 at email.szu.edu.cn>

引文(从R内,输入引用(“SIMD”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("SIMD")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“SIMD”)

超文本标记语言 R脚本 SIMD教程
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DifferentialExpressionDifferentialMethylationImmunoOncologySingleCell软件
版本 1.4.0
在Bioconductor BioC 3.8 (R-3.5)(1.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 3.5.0)
进口 刨边机statmodmethylMnM,统计,效用
链接
建议 BiocStyleknitrrmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 SIMD_1.4.0.tar.gz
Windows二进制 SIMD_1.4.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan) SIMD_1.4.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SIMD
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SIMD
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/SIMD/
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  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网