SGSeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.SGSeq

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SGSeq。

从RNA-seq数据拼接事件预测和量化

Bioconductor版本:3.10

SGSeq是从RNA-seq软件包分析剪接事件数据。RNA-seq读取输入数据映射到参考基因组BAM格式。基因被表示为一个拼接图,可以从现有的注释或映射序列的预测。剪接事件图的识别并量化本地使用结构兼容读取每个拼接变体的开始或结束。软件包括拼接事件预测功能、量化、可视化和解释。

作者:莱纳德·戈尔茨坦

维修工:伦纳德·戈尔茨坦< goldstel gene.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SGSeq”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“SGSeq”)

HTML	R脚本	SGSeq
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	AlternativeSplicing,ImmunoOncology,RNASeq,软件,转录
版本	1.20.0
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(5.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5.0),IRanges(> = 2.13.15),GenomicRanges(> = 1.31.10),Rsamtools(> = 1.31.2),SummarizedExperiment、方法
进口	AnnotationDbi,BiocGenerics(> = 0.31.5),Biostrings(> = 2.47.6),GenomicAlignments(> = 1.15.7),GenomicFeatures(> = 1.31.5),GenomeInfoDb,RUnit,S4Vectors(> = 0.23.19)grDevices、图形igraph平行,rtracklayer(> = 1.39.7),统计数据
链接
建议	BiocStyle,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	EventPointer
进口我	Rhisat2
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	SGSeq_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	SGSeq_1.20.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	SGSeq_1.20.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SGSeq
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SGSeq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SGSeq/
包下载报告	下载数据