SCANVIS

DOI:10.18129 / B9.bioc.SCANVIS

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见SCANVIS．

SCANVIS -一个用于评分，注释和可视化拼接连接的工具

Bioconductor版本:3.10

SCANVIS是一组依赖于注释的工具，用于分析剪接连接及其由选定的对齐工具(例如STAR对齐器)预先确定的读取支持。SCANVIS通过将本地分割读的上下文与注释文本对齐来评估每个结的相对读支持(RRS)。SCANVIS还注释每个剪接结，指出该结是否支持注释，如果不支持，它是什么类型的结(例如，外显子跳过，替代5'或3'事件，新外显子)。未注释的连接也可以通过指示它是否引起帧移位来进一步注释。SCANVIS包括一个可视化功能，可以生成静态刺身式图形，使用弧厚和弧高描述相对读支持度和分割读数，使用户可以轻松发现支持良好的节点。这些图还使用指定的配色方案清楚地描绘了未标注的连接和标注的连接，用户还可以突出选择的拼接连接。如果用户提供了床格式和/或BAM文件的变体，也会将变体和/或读配置文件合并到图中。可视化功能的另一个特点是，用户可以提交某种疾病或队列的多个样本来生成单个图形——这是通过“合并”功能实现的，其中多个样本的连接细节被合并以生成单个刺身图，这在对比队列(例如。疾病vs控制)。

作者:Phaedra Agius

维护者:Phaedra Agius

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("SCANVIS")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“SCANVIS”)

PDF	R脚本	SCANVIS
PDF		参考手册
文本		许可证

细节

biocViews	注释，ResearchField，软件，转录组，可视化，WorkflowStep
版本	1.0.0
在Bioconductor	BioC 3.10 (R-3.6)(< 6个月)
许可证	文件许可证
取决于	R (>= 3.6)
进口	IRanges，plotrix，RCurl，rtracklayer
链接
建议	knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	SCANVIS_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	SCANVIS_1.0.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	SCANVIS_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SCANVIS
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SCANVIS
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SCANVIS/
软件包下载报告	下载数据