SCAN.UPC

DOI:10.18129 / B9.bioc.SCAN.UPC

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SCAN.UPC。

单通道阵列正常化(扫描)和通用表达式代码(UPC)

Bioconductor版本:3.10

扫描微阵列归一化法促进个性化医疗工作流程。而不是处理芯片样品组,可以引入偏见和现在的后勤挑战,单独扫描可实现每个样本建模和去除探针和array-specific背景噪音只使用数据在每个数组。扫描可以应用到一个频道(例如,Affymetrix)或双通道(例如,安捷伦)微阵列。通用表达式代码(UPC)方法是扫描估计的扩展是否一个给定的基因/转录活性高于背景水平在一个给定的样本。UPC方法可以应用于一个频道或双通道微阵列以及RNA-Seq读计数。因为UPC值表示在相同规模和为每个平台有一个相同的解释,它们可以用于跨平台的数据集成。

作者:斯蒂芬·r·短笛和安德里亚·h·《图片报》和w·埃文约翰逊

维护人员:Stephen r .短笛< stephen_piccolo byu.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SCAN.UPC”)

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文档

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PDF	R脚本	底漆
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ImmunoOncology,微阵列,OneChannel,预处理,RNASeq,软件,TwoChannel
版本	2.28.0
Bioconductor自	BioC 2.11 (r - 2.15)(7.5年)
许可证	麻省理工学院
取决于	R (> = 2.14.0),Biobase(> = 2.6.0),益生元,Biostrings,GEOquery,affy,affyio,foreach,股东价值分析
进口	跑龙套、方法质量、工具、IRanges
链接
建议	pd.hg.u95a
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.comhttp://jlab.bu.edu/software/scan-upc
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

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源包	SCAN.UPC_2.28.0.tar.gz
Windows二进制	SCAN.UPC_2.28.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	SCAN.UPC_2.28.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SCAN.UPC
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SCAN.UPC
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SCAN.UPC/
包下载报告	下载数据