SBGNview

DOI:10.18129 / B9.bioc.SBGNview

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SBGNview。

覆盖到SBGN组学数据通路图

Bioconductor版本:3.10

SBGNview R组学数据的可视化包在SBGN通路地图。鉴于组学数据和SBGN-ML文件布局信息,SBGNview可以显示组学数据颜色符号和输出图像文件。SBGNview提供了广泛的选项来控制字形和边缘特征(如颜色、线宽等)。促进基于路径分析,SBGNview还提供函数来提取分子从SBGN-ML文件集。SBGNview可以绘制大量的基因、蛋白质和复合ID摘要符号。

作者:小希,Weijun罗

维护人员:小希盾< dfdongxiaoxi gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SBGNview”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“SBGNview”)

HTML	R脚本	使用SBGNview通路分析基因集
HTML	R脚本	SBGNview功能
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression,GeneExpression,GeneSetEnrichment,GeneTarget,遗传学,GraphAndNetwork,代谢组学,微阵列,通路,蛋白质组学,RNASeq,测序,软件,SystemsBiology,可视化
版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.10 (r - 3.6)(< 6个月)
许可证	AGPL-3
取决于	R (> = 3.6),pathview,SBGNview.data
进口	RdpackgrDevices,方法,属性,跑龙套,xml2,rsvg,igraph,rmarkdown,knitr,SummarizedExperiment,AnnotationDbi
链接
建议	testthat,计
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/datapplab/SBGNview
BugReports	https://github.com/datapplab/SBGNview/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	SBGNview_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	SBGNview_1.0.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	SBGNview_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SBGNview
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SBGNview
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SBGNview/
包下载报告	下载数据