这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅Rsubread。
Bioconductor版本:3.10
对齐、量化和第二代和第三代测序数据的分析。包括阅读的功能映射,读计数,SNP的召唤,结构性变异检测和基因融合的发现。可以应用于所有主要测序家非上市和短期和长期序列读取。
作者:魏史,杨廖和戈登·K Smyth珍妮戴的贡献
维护人员:杨魏史wehi.edu.au > <史,廖廖<在wehi.edu.au > K和戈登·史密斯在wehi.edu.au > <史密斯
从内部引用(R,回车引用(“Rsubread”)
):
安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“Rsubread”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“Rsubread”)
R脚本 | Rsubread装饰图案 | |
SubreadUsersGuide.pdf | ||
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 对齐,ChIPSeq,GeneExpression,GeneFusionDetection,GeneRegulation,GeneticVariability,遗传学,GenomeAnnotation,ImmunoOncology,IndelDetection,MultipleSequenceAlignment,预处理,质量控制,RNASeq,单核苷酸多态性,SequenceMatching,测序,SingleCell,软件,VariantAnnotation,VariantDetection |
版本 | 2.0.1 |
Bioconductor自 | BioC 2.8 (r - 2.13)(9年) |
许可证 | GPL-3 |
取决于 | |
进口 | 统计,grDevices跑龙套 |
链接 | |
建议 | |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/Rsubread |
取决于我 | ExCluster,samExploreR |
进口我 | APAlyzer,dupRadar |
建议我 | icetea,scPipe,颈背,singleCellTK |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | Rsubread_2.0.1.tar.gz |
Windows二进制 | Rsubread_2.0.1.zip(32位和64位) |
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | Rsubread_2.0.1.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Rsubread |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ Rsubread |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/Rsubread/ |
包下载报告 | 下载数据 |