Roleswitch
doi：10.18129/b9.bioc.RolesWitch
此软件包适用于生物导体的3.10版；对于稳定的最新版本，请参阅Roleswitch。
使用来自单个样品的配对表达数据推断miRNA-mRNA相互作用
生物导体版本：3.10
使用来自单个样本的成对表达数据来推断miRNA-MRNA相互作用签名（Promis）的概率。RolesWitch通过推断miRNA（miRNA）是miRNA（mRNA）（mRNA）的靶标（miRNA）的概率，从而在两个阶段中运行，同时考虑了所有mRNA（miRNA）的表达，因为它们的潜在竞争对同一miRNA的潜在竞争（mRNA）。由于细胞中的动态miRNA抑制，RolesWitch假设总转录mRNA水平高于观察到的（平衡）mRNA水平，并且迭代地更新了基于上述推论的每个mRNA靶标的总转录。NB：在论文中，我们将Promise既用作模型名称又是推断得分名称。
作者：Yue Li
维护者：yue li
引用（从r内，输入引用（“ Roleswitch”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ roleswitch”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ Roleswitch”）
| R脚本 | Roleswitch | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 软件，，，，mirna |
| 版本 | 1.24.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 2.13（R-3.0）（6。5年） |
| 执照 | GPL-2 |
| 要看 | r（> = 2.10），pracma，，，，重塑，，，，plotrix，，，，microRNA，，，，Biomart，，，，生物弦，，，，生物酶，，，，DBI |
| 进口 | |
| 链接 | |
| 建议 | GGPLOT2 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | http://www.cs.utoronto.ca/~yueli/roleswitch.html |
| 取决于我 | |
| 进口我 | Mirlab |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | roleswitch_1.24.0.tar.gz |
| Windows二进制 | roleswitch_1.24.0.zip |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | roleswitch_1.24.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/roleswitch |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/roleswitch |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/roleswitch/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
