ReactomePA

DOI:10.18129 / B9.bioc.ReactomePA

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ReactomePA

Reactome途径分析

Bioconductor版本:3.10

这个包提供了路径分析功能基于REACTOME通路数据库。它实现了富集分析,基因集富集分析和一些可视化的功能。

作者:Guangchuang Yu (aut (cre),弗拉季斯拉夫•Petyuk(施)

维护人员:Guangchuang于< guangchuangyu gmail.com >

从内部引用(R,回车引用(“ReactomePA”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ReactomePA”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“ReactomePA”)

HTML R脚本 R包Reactome途径分析
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 注释,GeneSetEnrichment,MultipleComparison,通路,Reactome,软件,可视化
版本 1.30.0
Bioconductor自 BioC 2.10 (r - 2.15)(8年)
许可证 GPL-2
取决于 R (> = 3.4.0)
进口 AnnotationDbi,剂量(> = 3.5.1),enrichplot,ggplot2,ggraph,reactome.db,igraph,石墨
链接
建议 BiocStyle,clusterProfiler,knitr,org.Hs.eg.db,prettydoc,testthat
SystemRequirements
增强了
URL https://guangchuangyu.github.io/software/ReactomePA
BugReports https://github.com/GuangchuangYu/ReactomePA/issues
取决于我 maEndToEnd
进口我 bioCancer,epihet,林肯,miRspongeR,scTensor
建议我 ChIPseeker,CINdex,clusterProfiler,可乐,scGPS
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 ReactomePA_1.30.0.tar.gz
Windows二进制 ReactomePA_1.30.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) ReactomePA_1.30.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ReactomePA
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ReactomePA
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/ReactomePA/
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