这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ReactomeGSA。
Bioconductor版本:3.10
ReactomeGSA包使用Reactome在线分析服务执行一套multi-omics基因分析。这个包的主要优势是,检索结果可以使用REACTOME强大的可视化webapplication。自从Reactome分析服务也使用R perfrom实际基因集合分析使用相同的包时你会得到类似的结果在本地(limma和磨边机等)。因此,如果你只需要一套基因分析,不同的包更适合。
维修工:约翰偶联<约翰内斯。主任在meduniwien.ac.at >
从内部引用(R,回车引用(“ReactomeGSA”)
):
安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ReactomeGSA”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“ReactomeGSA”)
HTML | R脚本 | 使用ReactomeGSA包 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 | |
文本 | 许可证 |
biocViews | GeneExpression,GeneSetEnrichment,蛋白质组学,Reactome,软件,SystemsBiology,转录组 |
版本 | 1.0.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.10 (r - 3.6)(< 6个月) |
许可证 | 麻省理工学院+文件许可证 |
取决于 | |
进口 | jsonlite,httr,进步,ggplot2、方法 |
链接 | |
建议 | testthat,knitr,rmarkdown,ReactomeGSA.data,Biobase,devtools |
SystemRequirements | |
增强了 | limma,刨边机 |
URL | https://github.com/reactome/ReactomeGSA |
BugReports | https://github.com/reactome/ReactomeGSA/issues |
取决于我 | ReactomeGSA.data |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | ReactomeGSA_1.0.0.tar.gz |
Windows二进制 | ReactomeGSA_1.0.0.zip |
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) | ReactomeGSA_1.0.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ReactomeGSA |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ReactomeGSA |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/ReactomeGSA/ |
包下载报告 | 下载数据 |