ReactomeGSA

DOI:10.18129 / B9.bioc.ReactomeGSA

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ReactomeGSA

客户Reactome分析服务比较multi-omics基因组分析

Bioconductor版本:3.10

ReactomeGSA包使用Reactome在线分析服务执行一套multi-omics基因分析。这个包的主要优势是,检索结果可以使用REACTOME强大的可视化webapplication。自从Reactome分析服务也使用R perfrom实际基因集合分析使用相同的包时你会得到类似的结果在本地(limma和磨边机等)。因此,如果你只需要一套基因分析,不同的包更适合。

作者:约翰偶联(aut (cre)

维修工:约翰偶联<约翰内斯。主任在meduniwien.ac.at >

从内部引用(R,回车引用(“ReactomeGSA”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ReactomeGSA”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

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browseVignettes (“ReactomeGSA”)

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PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews GeneExpression,GeneSetEnrichment,蛋白质组学,Reactome,软件,SystemsBiology,转录组
版本 1.0.0
Bioconductor自 BioC 3.10 (r - 3.6)(< 6个月)
许可证 麻省理工学院+文件许可证
取决于
进口 jsonlite,httr,进步,ggplot2、方法
链接
建议 testthat,knitr,rmarkdown,ReactomeGSA.data,Biobase,devtools
SystemRequirements
增强了 limma,刨边机
URL https://github.com/reactome/ReactomeGSA
BugReports https://github.com/reactome/ReactomeGSA/issues
取决于我 ReactomeGSA.data
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 ReactomeGSA_1.0.0.tar.gz
Windows二进制 ReactomeGSA_1.0.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) ReactomeGSA_1.0.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ReactomeGSA
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ReactomeGSA
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/ReactomeGSA/
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