rcistarget

doi：10.18129/b9.bioc.rcistarget

此软件包适用于生物导体的3.10版；对于稳定的最新版本，请参阅rcistarget。

rcistArget：识别富含基因列表的转录因子结合基序

生物导体版本：3.10

RCISTARGET识别基因列表中过度代表性的转录因子结合基序（TFB）。第一步，RCISTARGET选择了基因基因基因的转录起始位点（TSS）周围环境中明显代表的DNA基序。这是通过使用包含每个基序的全基因组跨物种排名的数据库来实现的。然后将其注释给TFS的主题以及具有高归一化富集评分（NES）的基序。最后，对于每个基序和基因组，RCISTARGET预测了候选靶基因（即基因组中排名最高的基因的基因）。

作者：Sara Aibar，Gert Hulselmans，Stein Aerts。计算生物学实验室。VIB-KU鲁汶大脑与疾病研究中心。比利时鲁汶

维护者：sara aibar

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ rcistarget”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ rcistarget”）

html	R脚本	rcistArget：转录因子结合基序富集
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	结肠管制，，，，基因烯，，，，遗传学，，，，图案，，，，软件，，，，转录，，，，转录组学
版本	1.6.0
在生物导体中	Bioc 3.7（R-3.5）（2年）
执照	GPL-3
要看	R（> = 3.4）
进口	Aucell（> = 1.1.6），生物基因，，，，Data.Table，，，，羽毛，图形，gseabase， 方法，r.utils，统计总结性特征，UTILS
链接
建议	生物酶，，，，生物使用，，，，生物比较，，，，多帕尔，，，，DT，，，，foreach，，，，Igraph，，，，尼特，，，，rcistarget.hg19.motifdbs.cisbponly.500bp，，，，rmarkDown，，，，测试，，，，Visnetwork，，，，箭
系统要求
增强	DOMC，，，，Dorng，，，，动物园
URL	http://scenic.aertslab.org
BugReports	https://github.com/aertslab/rcistarget/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	rcistarget_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	rcistarget_1.6.0.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	rcistarget_1.6.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rcistarget
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/rcistarget
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/rcistarget/
软件包下载报告	下载统计