Rariant

DOI:10.18129 / B9.bioc.Rariant

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅Rariant。

识别和评估单核苷酸变异通过绝不会报道另类基地调用频率的变化

Bioconductor版本:3.10

Rariant的包装标识单核苷酸变异从测序数据基于二项分布的差异之间的错配率匹配样本。

作者:朱利安格林贝恩德•西蒙•安德斯·克劳斯

维护人员:朱利安格林< jg-bioc gmx.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“Rariant”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“Rariant”)

HTML	R脚本	Rariant
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GenomicVariation,测序,软件,SomaticMutation,StatisticalMethod,VariantDetection,可视化
版本	1.22.0
Bioconductor自	BioC 2.14 (r - 3.1)(6年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.0.2),GenomicRanges,VariantAnnotation
进口	方法,BiocGenerics,S4Vectors,IRanges,GenomeInfoDb,ggbio,ggplot2,exomeCopy,SomaticSignatures,Rsamtools,闪亮的,VGAM,dplyr,reshape2
链接
建议	h5vcData,testthat,knitr,optparse,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/juliangehring/Rariant
BugReports	https://support.bioconductor.org
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	Rariant_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	Rariant_1.22.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	Rariant_1.22.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Rariant
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ Rariant
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Rariant/
包下载报告	下载数据