RTNsurvival

DOI:10.18129 / B9.bioc.RTNsurvival

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见RTNsurvival．

使用RTN包推断的转录网络进行生存分析

Bioconductor版本:3.10

RTNsurvival是一个将RTN包生成的规则与生存信息集成的工具。对于给定的规则，双尾GSEA方法为每个单独的样本计算一个差异富集分数(dES)，然后使用所有样本的dES分布来评估队列的生存统计数据。存在两个主要的生存分析工作流程:Cox比例风险方法用于建模规则作为生存时间的预测因子，以及Kaplan-Meier分析用于评估基于规则活动的队列分层。所有的图都可以根据用户的规格进行微调。

作者:Clarice S. Groeneveld, Vinicius S. Chagas, Mauro A. A. Castro

维护者:Clarice Groeneveld ， Mauro A. A. Castro < Mauro . A.。卡斯特罗在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("RTNsurvival")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“RTNsurvival”)

超文本标记语言	R脚本	RTNsurvival:利用转录网络和规则进行多变量生存分析。
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneRegulation，GeneSetEnrichment，GraphAndNetwork，NetworkEnrichment，NetworkInference，软件，生存
版本	1.10.0
在Bioconductor	BioC 3.6 (R-3.4)(2.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.5)，研制(> = 2.6.3),RTNduals(>= 1.6.1)，方法
进口	生存，RColorBrewer， grDevices，图形，统计，utils，尺度，data.table，蛋，ggplot2，pheatmap，dunn.test
链接
建议	Fletcher2013b，knitr，rmarkdown，BiocStyle，RUnit，BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	RTNsurvival_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	RTNsurvival_1.10.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	RTNsurvival_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RTNsurvival
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/RTNsurvival
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RTNsurvival/
软件包下载报告	下载数据