研制
DOI:10.18129 / B9.bioc.RTN
这个包是版本3.10的Bioconductor;有关稳定的最新发布版本，请参见研制。
RTN:转录调控网络的重建和调控分析
Bioconductor版本:3.10
转录调控网络(TRN)由一系列转录因子(tf)和受调控的靶基因组成。tf是识别特定DNA序列并引导基因组表达的调节因子，激活或抑制靶基因的表达。由同一TF控制的一组基因形成一个调控子。这个包提供了类和方法来重建trn和分析规则。
作者:Clarice Groeneveld[中文]、Gordon Robertson[中文]、Wang Xin[中文]、Michael Fletcher[中文]、Florian Markowetz[中文]、Kerstin Meyer[中文]、Mauro Castro[中文]
维护者:毛罗·卡斯特罗<毛罗。卡斯特罗在gmail.com>
引用(来自R，输入引用(“研制”)）:
安装
要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("RTN")
对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。
文档
要查看系统中安装的此软件包版本的文档，启动R并输入:
browseVignettes(“研制”)
| 超文本标记语言 | R脚本 | RTN:转录调控网络的重建和调控分析。 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | GeneExpression，GeneRegulation，GeneSetEnrichment，GeneticVariability，GraphAndNetwork，网络，NetworkEnrichment，NetworkInference，软件，转录 |
| 版本 | 2.10.1 |
| 在Bioconductor中 | BioC 2.13 (R-3.0)(6.5年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | R(>= 3.5.0)，方法 |
| 进口 | 红色的，minet，毒蛇，mixtools，雪，limma，data.table，IRanges，igraph，S4Vectors，SummarizedExperiment |
| 链接 | |
| 建议 | RUnit，BiocGenerics，BiocStyle，knitr，rmarkdown |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | http://dx.doi.org/10.1038/ncomms3464 |
| 这取决于我 | Fletcher2013b，RTNduals，RTNsurvival |
| 进口我 | |
| 建议我 | geneplast |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 在您的R会话中使用此包的说明。
| 源包 | RTN_2.10.1.tar.gz |
| Windows二进制 | RTN_2.10.1.zip(32- & 64位) |
| Mac OS X 10.11 (El Capitan) | RTN_2.10.1.tgz |
| 源库 | git clone https://git.bioconductor.org/packages/RTN |
| 源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:packages/RTN |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/RTN/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
