rtcgatoolbox.

DOI：10.18129 / b9.bioc.rtcgatoolbox.

此套餐适用于Biocumonds 3.10版;对于稳定的最新版本版本，请参阅rtcgatoolbox.。

导出TCGA Firehose数据的新工具

生物导体版本：3.10

管理来自大规模项目的数据，例如癌症基因组Atlas（TCGA）进一步分析是研究项目的重要且耗时的步骤。几项努力，例如Firehose项目，使TCGA预处理数据通过Web服务和数据门户公开可用，但它需要管理，下载和准备以下步骤。我们开发了一个基于开源和可扩展的R基于Firehose预处理数据的数据客户端，并证明了其与样本案例研究的用途。结果表明，RTCGatoolbox可以改善对对TCGA数据感兴趣的研究人员的数据管理。此外，它可以与其他分析管道集成，以进行以下数据分析。

作者：Mehmet Samur [Aut]，Marcel Ramos [Aut，Cre]，Ludwig Geistlinger [CTB]

维护者：Marcel Ramos

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“3.6”）并输入：

if（！percennamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“rtcgatoolbox”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

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HTML.	r script.	RTCGatoolbox教程
PDF.		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

Biocviews.	不同的亚兴那基因表达那测序那软件
版本	2.16.3
在生物导体中以来	BIOC 3.2（R-3.2）（4.5岁）
执照	文件执照
依靠	r（> = 3.5.0）
进口	生物根系那data.table.那delayedarray那Genomicranges.那genomeinfodb.那httr.那绞喉那林马， 方法，raggedexperiment.那rcircos.那rcurl.那rjsonio.那S4Vectors.（> = 0.23.10），统计，stringr.那概括分析那生存那tcgautils.那XML.
链接到
建议	生物焦那homo.sapiens.那kn那读书那RAMAMAMDOW.
系统要求
加强
URL.	http://mksamur.github.io/rtcgatoolbox//
Bugreports.	https://github.com/mksamur/rtcgatoolbox/issues.
取决于我
进口我	CVE.那tcgaworkflow.
建议我	tcgautils.
链接给我
建立报告

包档案包

跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。

源包	RTCGatoolbox_2.16.3.tar.gz.
Windows二进制文件	rtcgatoolbox_2.16.3.zip.
Mac OS x 10.11（El Capitan）	RTCGATOOLBOX_2.16.3.TGZ.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/rtcgatoolbox.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包/ rtcgatoolbox
包短网址	https://biocumon.org/packages/rtcgatoolbox/
包裹下载报告	下载统计信息