rmassbank

doi:10.18129/b9.bioc.rmassbank

此软件包适用于生物导体的3.10版;对于稳定的最新版本,请参阅rmassbank

处理串联MS文件并构建Massbank记录的工作流程

生物导体版本:3.10

工作流程以处理串联MS文件并构建Massbank记录。功能包括串联MS光谱的自动提取,对串联MS片段的公式分配,带有分配片段的串联MS光谱,光谱清理,从Internet数据库中自动检索化合物信息以及导出到Massbank Records。

作者:Michael Stravs,Emma Schymanski,Steffen Neumann,Erik Mueller,来自Tobias Schulze的贡献

维护者:Eawag

引用(从r内,输入引用(“ rmassbank”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ rmassbank”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ rmassbank”)

PDF R脚本 rmassbank非标准用法
PDF R脚本 rmassbank使用XCMS演练
PDF R脚本 Rmassbank演练
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 生物信息学,,,,免疫学,,,,质谱,,,,代谢组学,,,,软件
版本 2.14.1
在生物导体中 Bioc 2.11(R-2.15)(7。5年)
执照 艺术2.0
要看 RCPP
进口 XML,,,,rcurl,,,,rjson,,,,S4VECTORS,,,,消化,,,,rcdk,,,,Yaml,,,,MZR, 方法,生物酶,,,,MSNBase,,,,httr
链接
建议 GPLOTS,,,,rmassbankdata,,,,XCMS(> = 1.37.1),相机,,,,运行,,,,Envipat
系统要求 OpenBabel
增强
URL
取决于我
进口我
建议我 rmassbankdata
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 rmassbank_2.14.1.tar.gz
Windows二进制 rmassbank_2.14.1.zip
Mac OS X 10.11(El Capitan) rmassbank_2.14.1.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rmassbank
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/rmassbank
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/rmassbank/
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