Ripseeker.

DOI:10.18129 / b9.bioc.ripseeker.

此套餐适用于Biocumonds 3.10版;对于稳定的最新版本版本,请参阅Ripseeker.

RIPSEEKER:用于鉴定来自RIP-SEQ实验的蛋白质相关转录物的统计包装

生物导体版本:3.10

从RIP-SEQ对齐使用具有负二进制发射概率的两个状态HMM来推断和区分RIP峰值。虽然RIPSeeker专门针对RIP-SEQ数据分析量身定制,但它还提供了一套集成在此独立软件包中的生物信息工具套件,全面解决从后对齐处理和注释的问题传播的问题。

作者:岳丽

维护者:yue li

引文(从R内,输入引文(“RIPSEEKER”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“3.6”)并输入:

if(!qualocmanespace(“biocmanager”,squilly = true))install.packages(“biocmanager”)biocmanager ::安装(“ripseeker”)

对于旧版本,请参阅相应的生物导体释放

文件

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BROWSEVIGNETTES(“RIPSEEKER”)

PDF. r script. RIPSEEKER:用于鉴定来自RIP-SEQ实验的蛋白质相关转录物的统计包装
PDF. 参考手册
文本 消息

细节

Biocviews. RIPSEQ.测序软件
版本 1.26.0
在生物导体中以来 BIOC 2.12(R-3.0)(7年)
执照 GPL-2
依靠 R(> = 2.15),方法,S4Vectors.(> = 0.9.25),绞喉Genomicranges.概括分析RSAMTOOLS.基因管理rtracklayer.
进口
链接到
建议 生物雕Chippeakanno., 平行,基因组法
系统要求
加强
URL. http://www.cs.utortono.ca/~yueli/software.html.
取决于我 Ripseekerdata.
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包档案包

跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。

源包 RIPSEEKER_1.26.0.TAR.GZ.
Windows二进制文件 RIPSEEKER_1.26.0.zip.
Mac OS x 10.11(El Capitan) RIPSEEKER_1.26.0.TGZ.
源存储库 git clone https://git.biocumon.org/packages/ripseeker.
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.biocondion.org:包/ Ripseeker
包短网址 https://biocumon.org/packages/ripseeker/
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