redseq

doi:10.18129/b9.bioc.redseq

此软件包适用于生物导体的3.10版;对于稳定的最新版本,请参阅redseq

通过限制酶消化处理的高通量测序数据分析

生物导体版本:3.10

该软件包包括构建限制酶切割位点(REC)地图的功能,使用五种不同的方法在地图上分布映射的序列,为样品找到富集/耗尽的REC,并识别样品之间的差异丰富/耗尽的REC。

作者:Lihua Julie Zhu和Thomas Fazzio

维护者:Lihua Julie Zhu

引用(从r内,输入引用(“ redseq”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ redseq”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“ redseq”)

PDF R脚本 Redseq小插图
PDF 参考手册

细节

生物浏览 预处理,,,,测序,,,,测序,,,,软件
版本 1.32.0
在生物导体中 Bioc 2.9(R-2.14)(8。5年)
执照 GPL(> = 2)
要看 r(> = 2.15.0),生物基因(> = 0.1.0),bsgenome.celegans.ucsc.ce2,,,,多检验,,,,生物弦,,,,BSGENOME,,,,Chippeakanno
进口 生物基因,,,,AnnotationDbi,,,,生物弦,,,,Chippeakanno,图形,iranges(> = 1.13.5),多检验,统计,utils
链接
建议
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增强
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进口我
建议我
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构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 redseq_1.32.0.tar.gz
Windows二进制 redseq_1.32.0.zip(32-和64位)
Mac OS X 10.11(El Capitan) redseq_1.32.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/redseq
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/redseq
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/redseq/
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