RCy3

DOI:10.18129 / B9.bioc.RCy3

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见RCy3．

访问和控制细胞质的功能

Bioconductor版本:3.10

可视化，分析和探索网络使用Cytoscape通过R。

作者:Alex Pico [aut, cre]， Tanja Muetze [aut]， Paul Shannon [aut]， Ruth Isserlin [ctb]， Shraddha Pai [ctb]， Julia Gustavsen [ctb]， Georgi Kolishovski [ctb]

维护者:Alex Pico < Alex。Pico在gladstone.ucsf.edu>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("RCy3")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“RCy3”)

超文本标记语言	R脚本	01.RCy3 ~25 min概述
超文本标记语言	R脚本	02.细胞图和铭文~5分钟
超文本标记语言	R脚本	03.细胞膜和石墨烯~5分钟
超文本标记语言	R脚本	04.导入数据~5分钟
超文本标记语言	R脚本	05.网络功能和可视化~15分钟
超文本标记语言	R脚本	06.癌症网络和数据~40分钟
超文本标记语言	R脚本	07.标识符映射~20分钟
超文本标记语言	R脚本	08.升级现有脚本~15分钟
超文本标记语言	R脚本	09.胞浆和NDEx ~20分钟
超文本标记语言	R脚本	10.组结~15分钟
超文本标记语言	R脚本	11.自定义图形和标签~10分钟
超文本标记语言	R脚本	12.过滤网络~10分钟
超文本标记语言	R脚本	13.系统发育树~3分钟
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GraphAndNetwork，网络，软件，ThirdPartyClient，可视化
版本	2.6.3
在Bioconductor	BioC 3.2 (R-3.2)(4.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于
进口	httr、方法、RJSONIO，XML跑龙套,BiocGenerics，igraph统计数据,图，R.utils
链接
建议	RUnit，BiocStyle，knitr，rmarkdown
SystemRequirements	Cytoscape (>= 3.7.1)， CyREST (>= 3.8.0)
增强了
URL	https://github.com/cytoscape/RCy3
BugReports	https://github.com/cytoscape/RCy3/issues
全靠我
进口我	categoryCompare，NCIgraph
建议我	石墨，rScudo
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	RCy3_2.6.3.tar.gz
Windows二进制	RCy3_2.6.3.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	RCy3_2.6.3.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RCy3
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/RCy3
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RCy3/
软件包下载报告	下载数据