RCAS
此软件包适用于生物导体的3.10版；对于稳定的最新版本，请参阅RCAS。
以RNA为中心的注释系统
生物导体版本：3.10
RCAS是一个自动化系统，为包含转录组区域的自定义输入文件提供动态基因组注释。例如，这种转录组区域可以通过夹式分析检测到蛋白-RNA相互作用，RNA修饰（别名的表面转录组），CAGE-TAG位置或任何其他在转录组水平上的目标区域的峰值区域检测到峰区域。。RCA被设计为用于通过高通量实验检测到的RNA结合位点功能分析的报告工具。它作为输入格式文件，其中包含RNA绑定位点的基因组坐标和包含通常由Ensembl和UCSC等公开可用数据库提供的基因组注释功能的GTF文件。RCAS在RNA结合位点的基因组坐标与基因组注释特征之间进行重叠操作，并产生深入的注释摘要，例如结合位点相对于基因特征的分布（外显子，内含子，5'/3'UTR区域，5'/3'UTR区域，外显子边界，启动子区域和整个笔录）。此外，通过检测目标转录本的收集，RCA可以为富集基因集（由分子标志数据库注释）执行功能注释表和GO项。作为蛋白质RNA相互作用分析中最重要的问题之一。RCA具有一个用于检测富含转录组靶向区域的序列基序的模块。可以生成以HTML格式的完整交互式报告，其中包含准备出版目的的交互式数字和表。
作者：Bora Uyar [AUT，CRE]，Dilmurat Yusuf [aut]，Ricardo Wurmus [aut]，Altuna Akalin [aut]
维护者：bora uyar
引用（从r内，输入引用（“ rcas”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ rcas”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
browsevignettes（“ rcas”）
| html | R脚本 | 如何对多个样品进行荟萃分析 |
| html | R脚本 | 简介 - 单样品分析 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 覆盖范围，，，，去，，，，基因烯，，，，遗传学，，，，基因数，，，，图案，，，，主题，，，，软件，，，，转录组学 |
| 版本 | 1.12.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.4（R-3.3）（3.5岁） |
| 执照 | 艺术2.0 |
| 要看 | r（> = 3.3.0），情节（> = 4.5.2），DT（> = 0.2），Data.Table，，，，topgo，，，，主题 |
| 进口 | Biomart，，，，AnnotationDbi，，，，基因组机，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，，，，GenomeInfodB（> = 1.12.0），生物弦，，，，rtracklayer，，，，org.hs.eg.db，，，，GenomicFeatures，，，，rmarkDown（> = 0.9.5），基因组化（> = 1.5.5），尼特（> = 1.12.3），生物基因，，，，S4VECTORS，统计plotrix，，，，pbapply，，，，rsqlite，，，，代理人，，，，DBI，，，，pheatmap，，，，GGPLOT2，，，，牛仔图，，，，ggseqlogo，方法，utils |
| 链接 | |
| 建议 | bsgenome.hsapiens.ucsc.hg38，，，，bsgenome.mmusculus.ucsc.mm10，，，，bsgenome.mmusculus.ucsc.mm9，，，，bsgenome.celegans.ucsc.ce10，，，，bsgenome.dmelanogaster.ucsc.dm3，，，，org.mm.eg.db，，，，org.ce.eg.db，，，，org.dm.eg.db，，，，测试，，，，COVR |
| 系统要求 | Pandoc（> = 1.12.3） |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | rcas_1.12.0.tar.gz |
| Windows二进制 | rcas_1.12.0.zip（仅64位） |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | rcas_1.12.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/rcas |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/rcas |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/rcas/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
