QuasR

DOI:10.18129 / B9.bioc.QuasR

此包适用于Bioconductor的3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见QuasR．

在R中量化和注释短阅读

Bioconductor版本:3.10

这个包为Short read的量化和分析提供了一个框架。它涵盖了从原始序列读取、比对和质量控制图的创建到感兴趣的基因组区域的量化的完整工作流。

作者:Anita Lerch, Charlotte Soneson, Dimos Gaiditzis和Michael Stadler

维护者:Michael Stadler < Michael。fmi.ch>的Stadler

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("QuasR")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“QuasR”)

超文本标记语言	R脚本	对类星体的介绍
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐，ChIPSeq，报道，遗传学，ImmunoOncology，MethylSeq，预处理，质量控制，RNASeq，测序，软件
版本	1.26.0
在Bioconductor公司	BioC 2.12 (R-3.0)(7年)
许可证	GPL-2
取决于	R(>= 3.6)，平行，GenomicRanges(> = 1.13.3),Rbowtie
进口	方法，grDevices，图形，utils，BiocGenerics，S4Vectors(> = 0.9.25),IRanges，BiocManager，Biobase，Biostrings，BSgenome，Rsamtools(> = 1.99.1),GenomicFeatures(> = 1.17.13),ShortRead(> = 1.19.1),GenomicAlignments，BiocParallel，GenomeInfoDb，rtracklayer，GenomicFiles，Rhisat2，AnnotationDbi
链接	Rhtslib(> = 1.15.3)
建议	Gviz，BiocStyle，knitr，rmarkdown，covr，testthat
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	QuasR_1.26.0.tar.gz
Windows二进制	QuasR_1.26.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	QuasR_1.26.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/QuasR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/QuasR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/QuasR/
软件包下载报告	下载数据