QSutils

DOI:10.18129 / B9.bioc.QSutils

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见QSutils．

准物种多样性

Bioconductor版本:3.10

利用NGS数据进行病毒准种分析的效用函数集。大多数功能在宏基因组研究中同样有用。主要有三种类型:(1)数据操作和探索—用于将读取转换为单倍型和频率、修复读取、交叉链单倍型和可视化单倍型对齐的函数。(2)多样性指数-计算多样性和熵的函数，其中考虑了发生率、丰度和功能指数。(3)数据模拟——用于生成随机病毒准种数据的函数。

作者:Mercedes Guerrero-Murillo和Josep Gregori Font

维护人员:Mercedes Guerrero-Murillo

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("QSutils")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“QSutils”)

超文本标记语言	R脚本	QSUtils-Alignment
超文本标记语言	R脚本	QSutils-Diversity
超文本标记语言	R脚本	QSutils-Simulation
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	对齐，DNASeq，DataImport，GeneticVariability，遗传学，SequenceMatching，测序，软件
版本	1.4.0
在Bioconductor	BioC 3.8 (R-3.5)(1.5年)
许可证	文件许可证
取决于	R (>= 3.5)，Biostrings，BiocGenerics、方法
进口	猿统计数据,心理
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，ggplot2
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	QSutils_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	QSutils_1.4.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	QSutils_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/QSutils
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/QSutils
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/QSutils/
软件包下载报告	下载数据