PureCN

DOI:10.18129 / B9.bioc.PureCN

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅PureCN。

拷贝数调用和SNV分类使用针对性的短的阅读顺序

Bioconductor版本:3.10

这个包估计肿瘤纯度、拷贝数和杂合性丢失(LOH),并分类(SNVs)单核苷酸变异体细胞地位和单克隆。PureCN是专为有针对性的短读取测序数据,整合与标准体细胞变异检测和拷贝数管道,并支持肿瘤样本没有匹配的正常样本。

作者:马库斯·里斯(aut (cre)Angad p·辛格(aut)

维修工:马库斯·里斯<马库斯。里斯在novartis.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“PureCN”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“PureCN”)

HTML	R脚本	最佳实践,快速启动和命令行用法
PDF	R脚本	PureCN R包的概述
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation,报道,ImmunoOncology,测序,软件,VariantAnnotation,VariantDetection
版本	1.16.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(4年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.3),DNAcopy,VariantAnnotation(> = 1.14.1)
进口	GenomicRanges(> = 1.20.3),IRanges(> = 2.2.1),RColorBrewer,S4Vectors,data.tablegrDevices图形,统计,跑龙套,SummarizedExperiment,GenomeInfoDb,GenomicFeatures,Rsamtools,Biostrings,BiocGenerics,rtracklayer,ggplot2,gridExtra,futile.logger,VGAM、工具、方法rhdf5,矩阵
链接
建议	BiocParallel,BiocStyle,PSCBS,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,copynumber,covr,knitr,optparse,org.Hs.eg.db,rmarkdown,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/lima1/PureCN
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	PureCN_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	PureCN_1.16.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	PureCN_1.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PureCN
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ PureCN
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/PureCN/
包下载报告	下载数据