Proteomm
doi：10.18129/b9.bioc.proteomm
此软件包适用于生物导体的3.10版；对于稳定的最新版本，请参阅Proteomm。
基于多数据ASET模型的差异表达蛋白质组学分析平台
生物导体版本：3.10
Proteomm是一种统计方法，用于对单个或多个数据集执行基于模型的肽级差异表达分析。对于多个数据集，proteomm在多个数据集中为每种蛋白质产生单个折叠变化和p值。Proteomm为归一化，缺失价值插补和差异表达提供功能。基于模型的肽水平的插补和差异表达分析包装的组成部分遵循“基于自下而上的MS蛋白质组学中蛋白质定量的统计框架”中所述的分析（Karpievitch等人的BioInformatics 2009）。如图所述实现的特征归一化“使用奇异值分解的基于自下而上的MS蛋白质组学中峰强度的归一化。”（Karpievitch等人的生物信息学2009年）。
作者：Yuliya诉Karpievitch，Tim Stuart和Sufyaan Mohamed
维护者：Yuliya v Karpievitch
引用（从r内，输入引用（“ proteomm”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ proteomm”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
browsevignettes（“ proteomm”）
| html | R脚本 | 基于多数据ASET模型的差异表达蛋白质组学平台 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 差异性，，，，免疫学，，，，质谱，，，，正常化，，，，蛋白质组学，，，，软件 |
| 版本 | 1.4.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.8（R-3.5）（1。5年） |
| 执照 | 麻省理工学院 |
| 要看 | R（> = 3.5） |
| 进口 | gdata，，，，Biomart，，，，GGPLOT2，，，，Ggrepel，，，，gtools，统计矩阵，图形 |
| 链接 | |
| 建议 | 生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | proteomm_1.4.0.tar.gz |
| Windows二进制 | proteomm_1.4.0.zip |
| Mac OS X 10.11（El Capitan） | proteomm_1.4.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/proteomm |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/proteomm |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/proteomm/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
