皮革

doi：10.18129/b9.bioc.pigengene

此软件包适用于生物导体的3.10版；对于稳定的最新版本，请参阅皮革。

侵入基因表达数据的生物学特征

生物导体版本：3.10

Pigengene软件包提供了一种从基因表达曲线中推断生物学特征的有效方法。签名独立于基础平台，例如，输入可以是微阵列或RNA SEQ数据。它甚至可以使用来自一个平台的数据来推断签名，然后对其进行评估。Pigengene使用共表达网络分析识别高度共表达基因的模块（簇），总结了概念中每个模块的生物学信息，了解一个模拟模块之间概率依赖性的贝叶斯网络，并基于征粒的表达来建立概率的依赖性。。

作者：Habil Zare，Amir Foroushani，Rupesh Agrahari和Meghan Short

维护者：Habil Zare

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ pigengene”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Pigengene”）

PDF	R脚本	PIGENGENE：计算和使用特征根
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	生物医学信息学，，，，分类，，，，聚类，，，，决策树，，，，维度，，，，基因表达，，，，GraphandNetwork，，，，免疫学，，，，微阵列，，，，网络，，，，网络引导，，，，正常化，，，，委托人，，，，rnaseq，，，，软件，，，，系统生物学，，，，转录组学
版本	1.12.0
在生物导体中	Bioc 3.4（R-3.3）（3.5岁）
执照	GPL（> = 2）
要看	r（> = 3.5.0），图形
进口	Bnlearn（> = 4.4.1），C50（> = 0.1.2），大量的，，，，矩阵，，，，PANTYKIT，，，，rgraphviz，，，，WGCNA，，，，go.db，，，，算，，，，预处理，grdevices，图形，统计，utils，并行，pheatmap（> = 1.0.8），dplyr，，，，gdata
链接
建议	org.hs.eg.db（> = 3.7.0），org.mm.eg.db（> = 3.7.0），Biomart（> = 2.30.0），尼特，，，，生物使用，，，，AnnotationDbi，，，，活力
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	Pigengene_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	Pigengene_1.12.0.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	Pigengene_1.12.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pigengene
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/pigengene
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/pigengene/
软件包下载报告	下载统计