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DOI:10.18129 / B9.bioc.Pi

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅π。

利用遗传学证据优先考虑药物靶点的基因和通路水平

Bioconductor版本:3.10

开发优先级索引或πgenomic-led目标优先级系统,专注于利用人类遗传数据优先考虑潜在的药物靶点基因,通路和网络水平。长远的目标是使用这些信息来增强早期目标验证。基于证据的疾病协会从全基因组关联研究(GWAS),这个优先级系统能够生成证据支持识别的具体调制基因(种子基因)遗传协会负责信号利用连锁不平衡的知识(因此而遗传基因变异),距离相关的基因变异,独立的基因与基因表达的关系证据disease-relevant组织,细胞类型和状态,和物理之间的相互作用的证据基于全基因组变异的遗传变异和基因启动子捕获HiC-generated发起人interactomes在初级血细胞类型。种子基因在一个综合的方法,量化的遗传影响。得分种子基因随后用作鱼饵排名种子基因加上附加(non-seed)基因;这是通过反复探索全球基因相互作用网络的连通性。基因与最高优先级进一步用于识别/优先路径明显富含高度优先的基因。优先考虑基因也被用来确定一个基因网络互连高度优先的基因和最小数量的少优先基因(作为链接器结合高度优先的基因)。

作者:海方,ULTRA-DD财团,朱利安·C骑士

维护人员:海方< hfang在well.ox.ac.uk >

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HTML	R脚本	π用户手册(R / Bioconductor包)
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文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression,GeneTarget,遗传学,GenomeWideAssociation,GraphAndNetwork,嗝,LinkageDisequilibrium,网络,通路,软件
版本	1.14.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(3.5年)
许可证	GPL-3
取决于	XGR,igraph,dnet,ggplot2、图形
进口	矩阵,ggbio,GenomicRanges,GenomeInfoDb,supraHex,尺度grDevices,ggrepel,ROCR,randomForest,glmnet,Gviz,晶格,脱字符号,plot3D,统计数据
链接
建议	foreach,doParallel,BiocStyle,knitr,rmarkdown,png,GGally,gridExtra,ExpressionAtlas,ggforce,fgsea,pathview,tidyr,dplyr
SystemRequirements
增强了
URL	http://pi314.r-forge.r-project.org
BugReports	https://github.com/hfang-bristol/Pi/issues
取决于我
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包档案

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源包	Pi_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	Pi_1.14.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	Pi_1.14.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Pi
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/π
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Pi/
包下载报告	下载数据