PhyloProfile

DOI:10.18129 / B9.bioc.PhyloProfile

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅PhyloProfile。

PhyloProfile

Bioconductor版本:3.10

PhyloProfile工具探索复杂系统配置文件。系统配置文件,/缺失的基因模式存在一组物种,通常用于跟踪功能和基因在物种的进化历史和时间。PhyloProfile我们可以进一步丰富正则系统配置文件和数据序列/结构相似性,使系统发育分析更有意义。除了交互式可视化由R-Shiny供电,进一步分析特征的包提供了一组获得的见解基因年龄估计或核心基因识别。

作者:Vinh Tran (aut (cre) Bastian Greshake Tzovaras (aut) Ingo Ebersberger (aut),卡拉Molbert(施)

维护人员:Vinh Tran < Tran在bio.uni-frankfurt.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“PhyloProfile”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“PhyloProfile”)

HTML	R脚本	PhyloProfile
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DataRepresentation,FunctionalPrediction,MultipleComparison,软件,可视化
版本	1.0.7
Bioconductor自	BioC 3.10 (r - 3.6)(< 6个月)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.6.0)
进口	猿,bioDist,BiocStyle,Biostrings,colourpicker,data.table,DT,能源,ExperimentHub,ggplot2,gridExtra,pbapply,RColorBrewer,闪亮的,shinyBS,shinyjs,OmaDB,plyr,xml2,动物园
链接
建议	knitr,rmarkdown,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/BIONF/PhyloProfile/
BugReports	https://github.com/BIONF/PhyloProfile/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	PhyloProfile_1.0.7.tar.gz
Windows二进制	PhyloProfile_1.0.7.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	PhyloProfile_1.0.7.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PhyloProfile
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ PhyloProfile
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/PhyloProfile/
包下载报告	下载数据