途径图

doi：10.18129/b9.bioc.pathwaysplice

此软件包适用于生物导体的3.10版；对于稳定的最新版本，请参阅途径图。

无偏剪接途径分析的R包装

生物导体版本：3.10

替代剪接的途径分析将在不考虑与每个基因相关的外显子数量的不同数量的情况下偏置，因为具有较高外显子数量的基因更有可能将其包含在替代剪接中的“重要”基因列表中。pathwaysplice是一个R软件包，该软件包：（1）执行途径分析，该途径分析可显式调整与每个基因相关的外显子数（2）可视化选择偏差，因为每个基因的外显子数量不同（3）正式测试使用偏见，以实现使用偏见，以实现使用偏见。逻辑回归（4）支持基于基因本体学术语以及更广泛定义的基因集（例如MSIGDB）或用户定义的基因集（5）的基因集（5），确定了驾驶途径显着性的重要基因（6）用重要的途径来组织重要的途径。富集图，其中将大量重叠基因的途径分组在一起

作者：Aimin Yan，XI Chen，Lily Wang

维护者：aimin yan

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ pathwaysplice”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ pathwaysplice”）

html	R脚本	途径图
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	替代方案，，，，差速器，，，，去，，，，基因烯，，，，GraphandNetwork，，，，免疫学，，，，网络，，，，NetworkEnrichment，，，，途径，，，，rnaseq，，，，回归，，，，测序，，，，软件，，，，可视化
版本	1.10.0
在生物导体中	Bioc 3.6（R-3.4）（2。5年）
执照	LGPL（> = 2）
要看	R（> = 3.5.0）
进口	Goseq，，，，生物酶，，，，剂量，，，，RESHAPE2，，，，Igraph，，，，org.hs.eg.db，，，，org.mm.eg.db，，，，生物基因，，，，AnnotationDbi，，，，接口，，，，偏见，，，，go.db，，，，gdata，，，，Genelendatabase，grdevices，图形，统计，utils，Venndiagram，，，，rcolorbrewer，，，，Ensembldb，，，，AnnotationHub，，，，S4VECTORS，，，，dplyr，，，，情节，，，，Webshot，，，，htmlwidgets，，，，MGCV，，，，栅格， 网格，GPLOTS，，，，蒂布尔，，，，富集兄弟，，，，注释，，，，keggrest
链接
建议	测试，，，，尼特，，，，rmarkDown
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	pathwaysplice_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	pathwaysplice_1.10.0.zip
Mac OS X 10.11（El Capitan）	pathwaysplice_1.10.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/pathwaysplice
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/pathwaysplice
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/pathwaysplice/
软件包下载报告	下载统计