PGA

DOI:10.18129 / B9.bioc.PGA

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅PGA。

识别的包小说肽通过定制数据库来自RNA-Seq

Bioconductor版本:3.10

这个包提供了构建定制的功能蛋白质数据库基于RNA-Seq数据有/没有基因组引导,数据库搜索、后处理和报告生成。这种定制的蛋白质数据库包括参考数据库(如Refseq或运用)和小说肽序列形式RNA-Seq数据。

作者:Shaohang徐,Bo温家宝

维修工:薄熙来温家宝< wenbostar gmail.com >, Shaohang徐< xsh。斯凯在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(PGA)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

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PDF	R脚本	PGA教程
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ImmunoOncology,MassSpectrometry,蛋白质组学,RNASeq,ReportWriting,测序,软件
版本	1.16.0
Bioconductor自	BioC 3.2 (r - 3.2)(4.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.5.0),IRanges,GenomicRanges,Biostrings(> = 2.26.3之前),data.table,rTANDEM
进口	S4Vectors(> = 0.9.25),Rsamtools(> = 1.10.2),GenomicFeatures(> = 1.19.8),biomaRt(> = 2.17.1),stringr,RCurl,Nozzle.R1,VariantAnnotation(> = 1.7.28),rtracklayer,RSQLite,ggplot2,AnnotationDbi,customProDB(> = 1.21.5),pheatmap,dplyr,processx,readr,seqinr
链接
建议	RMariaDB,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,RUnit,BiocGenerics,BiocStyle,knitr,R.utils
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	PGA_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	PGA_1.16.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	PGA_1.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/PGA
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ PGA
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/PGA/
包下载报告	下载数据