OncoSimulR

DOI:10.18129 / B9.bioc.OncoSimulR

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅OncoSimulR。

提出遗传模拟上位的癌症恶化

Bioconductor版本:3.10

功能提出人口遗传模拟无性人群,特别关注癌症恶化。健身可以任意函数的遗传基因的多个基因或模块之间的交互,包括上位,顺序限制突变积累,和秩序的影响。基因之间的变异率可以不同,我们可以包括突变/ antimutator基因突变表型(模型)。模拟使用连续时间模型,可以包括司机和乘客基因和模块。还包括功能:模拟随机装饰边的类型中发现Oncogenetic树、贝叶斯网络连接,和其他癌症恶化的模型;策划和抽样从单个或多个实现的模拟,包括单细胞抽样;策划克隆的父子关系;生成随机健身景观(粗糙的富士山,卡片,和加法模型)和策划。

作者:雷蒙Diaz-Uriarte (aut (cre),马克·泰勒(施)

维护人员:雷蒙Diaz-Uriarte < rdiaz02 gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“OncoSimulR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“OncoSimulR”)

HTML	R脚本	OncoSimulR:向前在无性人群遗传模拟任意上位相互作用和关注建模肿瘤恶化。
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	BiologicalQuestion,软件,SomaticMutation
版本	2.16.1
Bioconductor自	BioC 3.0 (r - 3.1)(5.5年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R (> = 3.3.0)
进口	Rcpp(> = 0.12.4),平行,data.table,图,Rgraphviz,gtools,igraph、方法、RColorBrewergrDevices,车,dplyr,smatr,ggplot2,ggrepel,nem
链接	Rcpp
建议	BiocStyle,knitr,Oncotree,testthat(> = 1.0.0),rmarkdown,bookdown,老鸨
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/rdiaz02/OncoSimulhttps://popmodels.cancercontrol.cancer.gov/gsr/packages/oncosimulr/
BugReports	https://github.com/rdiaz02/OncoSimul/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	OncoSimulR_2.16.1.tar.gz
Windows二进制	OncoSimulR_2.16.1.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	OncoSimulR_2.16.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/OncoSimulR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ OncoSimulR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/OncoSimulR/
包下载报告	下载数据