先驱者

DOI:10.18129 / B9.bioc.OUTRIDER

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见先驱者．

探索者- RNA-Seq fInDER中的异常值

Bioconductor版本:3.10

RNA-seq数据中异常基因表达的鉴定。读取计数期望由一个自动编码器建模，以控制数据中的混杂因素。鉴于这些期望，RNA-seq读取计数假设遵循负二项分布与基因特异性离散。然后将异常值识别为显著偏离该分布的读计数。此外，OUTRIDER提供了有用的绘图函数来分析和可视化结果。

作者:Felix Brechtmann [aut]， Christian Mertes [aut, cre]， Agne Matuseviciute [aut]， Michaela Fee Müller [ctb]， Vicente Yepez [aut]， Julien Gagneur [aut]

维护者:Christian Mertes < Mertes at in.tum.de>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install(" outider ")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“先驱者”)

PDF	R脚本	outider: RNA-seq fInDER中的异常值
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	对齐，GeneExpression，遗传学，ImmunoOncology，RNASeq，测序，软件，转录组
版本	1.4.2
在Bioconductor	BioC 3.8 (R-3.5)(1.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.6)，BiocParallel，GenomicFeatures，SummarizedExperiment，data.table、方法
进口	BBmisc，Biobase，BiocGenerics编译器,DESeq2(> = 1.16.1),GenomicRanges，ggplot2grDevices,的热图，pheatmap，gplots、图形、IRanges，matrixStats，情节，plyr，pcaMethods，PRROC，RColorBrewer，Rcpp，reshape2，S4Vectors，尺度，样条，统计，utils
链接	Rcpp，RcppArmadillo
建议	testthat，knitr，rmarkdown，BiocStyle，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，org.Hs.eg.db，RMariaDB，AnnotationDbi，beeswarm，covr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/gagneurlab/OUTRIDER
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	OUTRIDER_1.4.2.tar.gz
Windows二进制	OUTRIDER_1.4.2.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	OUTRIDER_1.4.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/OUTRIDER
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/OUTRIDER
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/OUTRIDER/
软件包下载报告	下载数据