NormalyzerDE

DOI:10.18129 / B9.bioc.NormalyzerDE

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅NormalyzerDE。

标准化评估方法和计算的微分表达式分析统计数据

Bioconductor版本:3.10

NormalyzerDE提供标准化筛选方法基于质表达数据。计算一系列规范化矩阵使用现有方法和一种新的time-segmented方法,计算性能措施和生成一个评估报告。此外,它提供了一种简便的效用Limma——或方差分析——基于微分表达分析。

作者:Jakob Willforss

维护人员:Jakob Willforss <雅克布。在immun.lth.se willforss >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“NormalyzerDE”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“NormalyzerDE”)

PDF	R脚本	使用NormalyzerDE微分表达式和对抗技术偏差
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	贝叶斯,DifferentialExpression,代谢组学,MultipleComparison,归一化,蛋白质组学,软件,可视化
版本	1.4.0
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(1.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.6)
进口	vsn,preprocessCore,limma,质量,猿,车,ggplot2、方法、Biobase,RcmdrMisc,光栅,跑龙套,统计数据,SummarizedExperiment,matrixStats,ggforce
链接
建议	knitr,testthat,rmarkdown,roxygen2,hexbin,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ComputationalProteomics/NormalyzerDE
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	NormalyzerDE_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	NormalyzerDE_1.4.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	NormalyzerDE_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/NormalyzerDE
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ NormalyzerDE
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/NormalyzerDE/
包下载报告	下载数据