NetPathMiner

DOI:10.18129 / B9.bioc.NetPathMiner

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅NetPathMiner。

生物网络建设、NetPathMiner路径挖掘和可视化

Bioconductor版本:3.10

NetPathMiner是一个通用的框架,使用公司网络的网络路径挖掘。它从KGML构造网络,用和BioPAX文件,提供三个网络表征、代谢、反应和基因表达。NetPathMiner发现活动路径和应用机器学习方法总结发现路径简单解释。它还提供了静态的和交互式的可视化网络和路径来帮助手册的调查。

作者:艾哈迈德穆罕默德在kuicr.kyoto-u.ac.jp > <穆罕默德,蒂姆·汉考克<盖。汉考克kuicr.kyoto-u.ac.jp >, Ichigaku Takigawa kuicr.kyoto-u.ac.jp > < Takigawa,尼古拉斯柳条<尼古拉斯。柳条在unistra.fr >

维修工:艾哈迈德穆罕默德<穆罕默德在kuicr.kyoto-u.ac.jp >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“NetPathMiner”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“NetPathMiner”)

HTML	R脚本	NetPathMiner装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类,聚类,GraphAndNetwork,网络,通路,软件
版本	1.22.0
Bioconductor自	BioC 2.14 (r - 3.1)(6年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.0.2),igraph(> = 1.0)
进口
链接
建议	rBiopaxParser(> = 2.1),RCurl,图,knitr,rmarkdown,BiocStyle
SystemRequirements	libxml2, libSBML (> = 5.5)
增强了
URL	https://github.com/ahmohamed/NetPathMiner
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	NetPathMiner_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	NetPathMiner_1.22.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	NetPathMiner_1.22.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/NetPathMiner
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ NetPathMiner
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/NetPathMiner/
包下载报告	下载数据