狭窄

doi：10.18129/b9.bioc.narrowpeaks

此软件包适用于生物导体的3.10版；对于稳定的最新版本，请参阅狭窄。

使用功能性PCA的基于形状的基于芯片seq的变化分析

生物导体版本：3.10

该软件包将主要组件分析（FPCA）的功能版本应用于：（1）通过通用芯片seq峰呼叫者通常生产的Wiggle Track格式的后过程数据，通过将FPCA应用于一组读取的区域（CHIP-SEQQ）（CHIP-SEQQ）（峰）。这样做是为了研究峰的变异性，或缩短其基因组位置，以占富集得分谱之间给定变异的比例。（2）分析具有重复的多个芯片序列样品之间的差异变化。函数“ nrarkpeaksdiff”量化了形状之间的差异，并在功能主成分评分上使用Hotelling的T2测试来识别各种条件之间的显着差异。Mateos，Madrigal等人在拟南芥数据集中的包装应用。（2015）基因组生物学：16：31。

作者：pedro madrigal ，pawel krajewski

维护者：pedro madrigal

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 3.6”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ nrarkpeaks”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ nrarkpeaks”）

PDF	R脚本	狭窄的小插图
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	chipseq，，，，遗传学，，，，测序，，，，软件，，，，转录，，，，可视化
版本	1.30.0
在生物导体中	Bioc 2.10（R-2.15）（8年）
执照	艺术2.0
要看	r（> = 2.10.0），花键
进口	生物基因，，，，S4VECTORS，，，，iranges，，，，基因组机，，，，GenomeInfodB，，，，FDA，，，，CSAR，，，，ICSNP
链接
建议	rtracklayer，，，，生物使用，，，，基因组机，，，，CSAR
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	nrarkpeaks_1.30.0.tar.gz
Windows二进制	nrarkpeaks_1.30.0.zip（32-和64位）
Mac OS X 10.11（El Capitan）	nrarkpeaks_1.30.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/narrowpeaks
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/nrarkpeaks
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/narrowpeaks/
软件包下载报告	下载统计