MutationalPatterns

DOI:10.18129 / B9.bioc.MutationalPatterns

此包适用于Bioconductor的3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见MutationalPatterns．

突变过程的全基因组综合分析

Bioconductor版本:3.10

一个广泛的工具集，用于描述和可视化碱基替换目录中广泛的突变模式。

作者:Francis Blokzijl, Roel Janssen, Ruben van Boxtel, Edwin Cuppen

维护者:Roel Janssen ， Francis Blokzijl

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("MutationalPatterns")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“MutationalPatterns”)

PDF	R脚本	突变模式简介
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	遗传学，软件，SomaticMutation
版本	1.12.0
在Bioconductor公司	BioC 3.4 (R-3.3)(3.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.4.0)，GenomicRanges(> = 1.24.0),NMF(> = 0.20.6)
进口	统计数据,并行,S4Vectors，BiocGenerics(> = 0.18.0),VariantAnnotation(> = 1.18.1),reshape2(> = 1.4.1),plyr(> = 1.8.3),ggplot2(> =魅惑,pracma(> = 1.8.8),SummarizedExperiment(> = 1.2.2),IRanges(> = 2.6.0),GenomeInfoDb(> = 1.12.0),Biostrings(> = 2.40.0),ggdendro-20年(> = 0.1),cowplot(> = 0.9.2)
链接
建议	BSgenome(> = 1.40.0),BSgenome.Hsapiens.1000genomes.hs37d5(> = 0.99.1),BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19(> = 1.4.0),BiocStyle(> = 2.0.3),TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene(> = 3.2.2)biomaRt(> = 2.28.0),gridExtra(> = 2.2.1),rtracklayer(> = 1.32.2),testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://doi.org/10.1186/s13073-018-0539-0
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	MutationalPatterns_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	MutationalPatterns_1.12.0.zip(32- & 64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	MutationalPatterns_1.12.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/MutationalPatterns
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MutationalPatterns
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MutationalPatterns/
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