MotIV

DOI:10.18129 / B9.bioc.MotIV

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见MotIV．

母题识别与验证

Bioconductor版本:3.10

这个包使用STAMP将一组图案与给定的数据库(例如JASPAR)进行比较。它也可以用来可视化图案，图案分布，模块和过滤器图案。

作者:Eloi Mercier, Raphael Gottardo

维护者:Eloi Mercier < bcgsc的Mercier。ca>， Raphael Gottardo

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("MotIV")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“MotIV”)

PDF	R脚本	MotIV用户指南
PDF		参考手册

细节

biocViews	ChIPSeq，ChIPchip，GenomicSequence，微阵列，MotifAnnotation，软件
版本	1.42.0
在Bioconductor	BioC 2.6 (R-2.11)(10年)
许可证	GPL-2
取决于	R(>= 2.10)，图形，BiocGenerics，GenomicRanges
进口	方法，统计，网格，S4Vectors，IRanges(> = 1.13.5),Biostrings，晶格，rGADEM,跑龙套
链接
建议	rtracklayer
SystemRequirements	GNU科学图书馆>= 1.6 (http://www.gnu.org/software/gsl/)
增强了
URL
全靠我	motifStack
进口我	TCGAWorkflow
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	MotIV_1.42.0.tar.gz
Windows二进制	MotIV_1.42.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	MotIV_1.42.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MotIV
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MotIV
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MotIV/
软件包下载报告	下载数据