MoonlightR

DOI:10.18129 / B9.bioc.MoonlightR

此包适用于Bioconductor的3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见MoonlightR．

从组学数据中识别癌基因和肿瘤抑制基因

Bioconductor版本:3.10

动机:了解癌症机制需要识别在病理发展中起作用的基因和其作用的特征(特别是致癌基因和肿瘤抑制因子)。结果:我们提出了一个称为MoonlightR的R/生物导体包，它根据TCGA表达数据返回特定癌症类型的候选驱动基因列表。该方法首先推断出基因调控网络，然后进行功能富集分析(FEA)(实施上游调控分析，URA)，以对已知生物过程与所研究癌症类型的重要性进行评分。最终，通过随机森林，MoonlightR预测了候选驱动基因的两个特定角色:i)肿瘤抑制基因(TSGs)和ii)致癌基因(OCGs)。因此，这种方法不仅能识别出具有双重作用的基因(例如，TSG在一种癌症类型中，OCG在另一种癌症类型中)，而且还有助于阐明其具体作用背后的生物学过程。特别是，MoonlightR可以用于发现同一癌症类型的OCGs和TSGs。这可能有助于回答一个问题:在乳腺癌的早期(I、II)和晚期(III、IV)之间，某些基因是否会改变作用。在未来，这一分析可能有助于确定不同化疗耐药的原因。

作者:Antonio Colaprico*， Catharina Olsen*， Claudia Cava, Thilde Terkelsen, Laura Cantini, Andre Olsen, Gloria Bertoli, Andrei Zinovyev, Emmanuel Barillot, Isabella Castiglioni, Elena Papaleo, Gianluca Bontempi

维护者:Antonio Colaprico ， Catharina Olsen

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("MoonlightR")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

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browseVignettes(“MoonlightR”)

超文本标记语言	R脚本	装饰图案的标题
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细节

biocViews	DNAMethylation，DifferentialExpression，DifferentialMethylation，GeneExpression，GeneRegulation，GeneSetEnrichment，MethylationArray，网络，NetworkEnrichment，通路，软件，生存
版本	1.12.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (R-3.3)(3.5年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	R (> = 3.5),doParallel，foreach
进口	parmigene，randomForest，SummarizedExperiment，gplots，circlize，RColorBrewer，养蜂人，clusterProfiler，剂量，Biobase，limmagrDevices图形,TCGAbiolinks，GEOquery统计数据,RISmed、网格跑龙套
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，testthat，devtools，roxygen2，png
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ibsquare/MoonlightR
BugReports	https://github.com/ibsquare/MoonlightR/issues
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包档案

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源包	MoonlightR_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	MoonlightR_1.12.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	MoonlightR_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MoonlightR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MoonlightR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MoonlightR/
包下载报告	下载数据