MineICA

DOI:10.18129 / B9.bioc.MineICA

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅MineICA。

分析ICA分解获得的基因组数据

Bioconductor版本:3.10

MineICA的目标是进行独立分量分析(ICA)在多个转录组数据集,将额外的数据(e。g分子、临床和病理)。这种综合ICA有助于组件通过研究它们的生物学解释与变量(e。g示例注释)和基因集,使组件的比较从不同的数据集使用correlation-based图。

作者:安妮Biton

维护人员:安妮Biton <安妮。在gmail.com biton >

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“MineICA”)

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文档

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browseVignettes (“MineICA”)

PDF	R脚本	MineICA:独立分量分析的基因组数据
PDF		参考手册

细节

biocViews	MultipleComparison,软件,可视化
版本	1.26.0
Bioconductor自	BioC 2.12 (r - 3.0)(7年)
许可证	GPL-2
取决于	R(> = 2.10),方法,BiocGenerics(> = 0.13.8),Biobase,plyr,ggplot2,尺度,foreach,xtable,biomaRt,gtools,GOstats,集群,marray,mclust,RColorBrewer,色彩,igraph,Rgraphviz,图,注释,Hmisc,fastICA,玉
进口	AnnotationDbi,光民,fpc,lumiHumanAll.db
链接
建议	biomaRt,GOstats,集群,hgu133a.db,mclust,igraph,breastCancerMAINZ,breastCancerTRANSBIG,breastCancerUPP,breastCancerVDX
SystemRequirements
增强了	doMC
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	MineICA_1.26.0.tar.gz
Windows二进制	MineICA_1.26.0.zip
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦)	MineICA_1.26.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MineICA
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ MineICA
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MineICA/
包下载报告	下载数据