此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本,请参见MethylAid.
Bioconductor版本:3.10
一个使用RStudio闪亮的软件包的可视化和交互式web应用程序。使用阵列上的样本依赖和样本独立控制以及用户可调阈值来检测质量差的样本。利用阵列上存在的质量控制探针的几个交互式诊断图,可以对不良质量样品进行深入探测。此外,用户提供的任何批处理效应的影响都可以探索。
作者:Maarten van Iterson [aut, cre], Elmar Tobi[ctb], Roderick Slieker[ctb], Wouter den Hollander[ctb], Rene Luijk[ctb]和Bas Heijmans[ctb]
维护者:L.J. sinke
引文(从R内,输入引用(“MethylAid”)
):
要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“MethylAid”)
R脚本 | MethylAid: Illumina人类DNA甲基化阵列数据的可视化和交互式质量控制 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | BatchEffect,DNAMethylation,GUI,MethylationArray,微阵列,质量控制,软件,TwoChannel,可视化 |
版本 | 1.20.0 |
在Bioconductor | BioC 3.0 (R-3.1)(5.5年) |
许可证 | GPL (>= 2) |
取决于 | R (>= 3.4) |
进口 | Biobase,BiocParallel,BiocGenerics,ggplot2、网格gridBase, grDevices,图形,hexbin,matrixStats,minfi(>= 1.22.0),RColorBrewer,闪亮的统计数据,SummarizedExperiment,跑龙套 |
链接 | |
建议 | BiocStyle,knitr,MethylAidData,minfiData,minfiDataEPIC,RUnit |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | MethylAidData |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | MethylAid_1.20.0.tar.gz |
Windows二进制 | MethylAid_1.20.0.zip |
Mac OS X 10.11 (El Capitan) | MethylAid_1.20.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MethylAid |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MethylAid |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/MethylAid/ |
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