MethPed

DOI:10.18129 / B9.bioc.MethPed

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见MethPed．

一种用于鉴别小儿脑肿瘤亚型的DNA甲基化分类器工具

Bioconductor版本:3.10

将儿童肿瘤分类为生物学上定义的亚型具有挑战性，需要多方面的方法。为此，我们开发了一种基于DNA甲基化谱的诊断分类器。我们提供MethPed作为一个易于使用的工具箱，允许研究人员和临床诊断医生测试单个样本以及大型队列，以预测儿童脑肿瘤的亚类。当前版本的MethPed可以对以下肿瘤诊断/亚组进行分类:弥漫性内生性桥脑胶质瘤(DIPG)，室管膜瘤，带有多层玫瑰花结的胚胎性肿瘤(ETMR)，胶质母细胞瘤(GBM)，髓母细胞瘤(MB) -组3 (MB_Gr3)，组4 (MB_Gr3)，组WNT (MB_WNT)，组SHH (MB_SHH)和毛细胞星形细胞瘤(PiloAstro)。

作者:Mohammad Tanvir Ahamed [aut, trl]， Anna Danielsson [aut]， Szilárd Nemes [aut, trl]， Helena Carén [aut, cre, cph]

维护者:Helena Carén < helencarenlab at gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("MethPed")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“MethPed”)

超文本标记语言	R脚本	MethPed用户指南
PDF		参考手册

细节

biocViews	分类，DNAMethylation，表观遗传学，ImmunoOncology，软件
版本	1.14.0
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(4年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 3.0.0)，Biobase
进口	randomForest， grDevices，图形，统计
链接
建议	BiocStyle，knitr，减价，嫁祸于
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	MethPed_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	MethPed_1.14.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	MethPed_1.14.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MethPed
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MethPed
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MethPed/
软件包下载报告	下载数据