MetaboSignal

DOI:10.18129 / B9.bioc.MetaboSignal

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本,请参见MetaboSignal

代谢信号:一种基于网络的方法,覆盖和探索代谢和信号KEGG通路

Bioconductor版本:3.10

metabolsignal是一个R包,允许合并,分析和定制代谢和信号KEGG通路。它是一种基于网络的方法,旨在探索基因(信号-或酶-基因)和代谢物之间的拓扑关系,代表了一个强大的工具来研究遗传景观和代谢表型的调节网络。

作者:Andrea Rodriguez-Martinez, Rafael Ayala, Joram M. Posma, Ana L. Neves, Maryam Anwar, Jeremy K. Nicholson, Marc-Emmanuel Dumas

维护者:Andrea Rodriguez-Martinez < Andrea。罗德里格斯-马丁内兹13在imperial.ac。英国>,拉斐尔阿亚拉

引文(从R内,输入引用(“MetaboSignal”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("MetaboSignal")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“MetaboSignal”)

超文本标记语言 R脚本 MetaboSignal
超文本标记语言 R脚本 代谢信号2:合并KEGG与额外的交互资源
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews GeneSignalingGeneTargetGraphAndNetworkKEGG网络通路Reactome软件
版本 1.16.0
在Bioconductor BioC 3.4 (R-3.3)(3.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 3.3)
进口 KEGGgraphhparigraphRCurlKEGGRESTEnsDb.Hsapiens.v75,统计,图形,utils,org.Hs.eg.dbbiomaRtAnnotationDbiMWASToolsmygene
链接
建议 RUnitBiocGenericsknitrBiocStylermarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 MetaboSignal_1.16.0.tar.gz
Windows二进制 MetaboSignal_1.16.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan) MetaboSignal_1.16.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MetaboSignal
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MetaboSignal
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/MetaboSignal/
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