MetNet

DOI:10.18129 / B9.bioc.MetNet

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见MetNet．

从非定向高分辨率质谱数据推断代谢网络

Bioconductor版本:3.10

MetNet包含从定量数据和高分辨率质量/电荷信息推断代谢网络拓扑的功能。使用统计模型(包括相关、互信息、回归和贝叶斯统计)和定量数据(特征的强度值)推断出邻接矩阵，可以组合成共识矩阵。特征的质量/电荷值之间计算的质量差将与提供的质量/电荷差的数据帧相匹配，参考酶活性的转换。在第三步中，将两个矩阵结合起来，形成从定量和结构信息推断出的邻接矩阵。

作者:Thomas Naake [aut, cre]

维护者:Thomas Naake

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

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browseVignettes(“MetNet”)

超文本标记语言	R脚本	高分辨率代谢组学数据工作流
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文本		新闻

细节

biocViews	ImmunoOncology，MassSpectrometry，代谢组学，网络，回归，软件
版本	1.4.2
在Bioconductor	BioC 3.8 (R-3.5)(1.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 3.5)
进口	bnlearn(> = 4.3),BiocParallel(> = 1.12.0),GENIE3(>= 1.7.0)，方法(>= 3.5)mpmi(> = 0.42),parmigene(> = 1.0.2中),ppcor(> = 1.1),系统网络体系结构(sna)(> = 2.4),刺穿了(>= 0.6)，统计(>= 3.6)
链接
建议	BiocGenerics(> = 0.24.0),BiocStyle(> = 2.6.1),glmnet-18年(> = 2.0),igraph(> = 1.1.2),knitr(> = 1.11),rmarkdown(> = 1.15),testthat(> = 2.2.1)
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	MetNet_1.4.2.tar.gz
Windows二进制	MetNet_1.4.2.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	MetNet_1.4.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MetNet
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MetNet
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MetNet/
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