Maaslin2

DOI:10.18129 / B9.bioc.Maaslin2

这个包是3.10版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅Maaslin2

Maaslin2

Bioconductor版本:3.10

MaAsLin2全面R方案有效地确定多变量临床微生物元'omic元数据和特征之间的联系。MaAsLin2依赖于一般线性模型,以适应大多数现代流行病学研究设计,包括横向和纵向,并提供各种数据探索、规范化和转换方法。MaAsLin2 MaAsLin下一代。

作者:Himel Mallick (aut),阿里Rahnavard (aut),劳伦McIver (aut (cre)

维护人员:劳伦McIver < lauren.j。在gmail.com mciver >

从内部引用(R,回车引用(“Maaslin2”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“Maaslin2”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

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HTML R脚本 MaAsLin2
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews 宏基因组,微生物组,归一化,软件
版本 1.0.0
Bioconductor自 BioC 3.10 (r - 3.6)(< 6个月)
许可证 麻省理工学院+文件许可证
取决于 R (> = 3.6)
进口 robustbase,biglm,pcaPP,刨边机,metagenomeSeq,lpsymphony,pscl,pbapply,,dplyr,素食主义者,化学计量学,ggplot2,pheatmap,cplm,日志记录,data.table,lmerTest,哈希,optparse,质量,MuMIn,统计grDevices跑龙套
链接
建议 knitr,testthat(> = 2.1.0的)
SystemRequirements
增强了
URL http://huttenhower.sph.harvard.edu/maaslin2
BugReports https://bitbucket.org/biobakery/maaslin2/issues
取决于我
进口我 MMUPHin
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 Maaslin2_1.0.0.tar.gz
Windows二进制 Maaslin2_1.0.0.zip(64位)
Mac OS X 10.11(埃尔卡皮坦) Maaslin2_1.0.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Maaslin2
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ Maaslin2
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/Maaslin2/
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