此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本,请参见MSnID.
Bioconductor版本:3.10
从mzIdentML(利用mzID包)或文本文件中提取MS/MS ID数据。在整理来自多个数据集的搜索结果后,它评估它们的识别质量并优化过滤条件,以实现识别的最大数量,同时不超过指定的错误发现率。还包含了一些实用工具来探索MS/MS结果,并评估错过和不规则的酶切割,质量测量精度等。
作者:Vlad Petyuk,由Laurent Gatto贡献
维护者:Vlad Petyuk < Petyuk at gmail.com>
引文(从R内,输入引用(“MSnID”)
):
要安装这个包,启动R(版本“3.6”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("MSnID")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“MSnID”)
R脚本 | 用于处理MS/MS标识的MSnID包 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | ImmunoOncology,MassSpectrometry,蛋白质组学,软件 |
版本 | 1.20.0 |
在Bioconductor | BioC 3.0 (R-3.1)(5.5年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (>= 2.10),Rcpp |
进口 | MSnbase(> = 1.12.1),mzID(> = 1.3.5),R.cache,foreach,doParallel,并行,方法,迭代器,data.table,Biobase,ProtGenerics,reshape2,dplyr,mzR |
链接 | |
建议 | BiocStyle,msmsTests,ggplot2,RUnit,BiocGenerics |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | 蛋白质组学 |
进口我 | |
建议我 | RforProteomics |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | MSnID_1.20.0.tar.gz |
Windows二进制 | MSnID_1.20.0.zip |
Mac OS X 10.11 (El Capitan) | MSnID_1.20.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MSnID |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MSnID |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/MSnID/ |
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