mpranalyze

doi:10.18129/b9.bioc.mpranalyze

此软件包适用于生物导体的3.10版;对于稳定的最新版本,请参阅mpranalyze

MPRA数据的统计分析

生物导体版本:3.10

Mpranalyze提供了统计框架,用于分析由大规模平行的报告基因测定(MPRA)生成的数据,用于直接测量增强子活性。Mpranalyze可用于定量增强剂活性,主动增强子的分类以及条件之间增强剂活性的比较分析。mpranalyze构建了一对嵌套的广义线性模型(GLM),以将DNA和RNA观测值与各种实验设计和条件相关联,并提供一组严格的统计睾丸方案。

作者:Tal Ashuach [AUT,CRE],David S Fischer [AUT],Nir Yosef [CTB],Fabian J Theis [CTB],

维护者:tal aShuach

引用(从r内,输入引用(“ mpranalyze”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ mpranalyze”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

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Browsevignettes(“ mpranalyze”)

html R脚本 用mpranalys分析MPRA数据
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 蜂窝基,,,,细胞生物学,,,,差异性,,,,基因表达,,,,免疫学,,,,测序,,,,软件,,,,统计信息
版本 1.4.0
在生物导体中 Bioc 3.8(R-3.5)(1。5年)
执照 GPL-3
要看
进口 生物比较, 方法,进步,统计总结性特征
链接
建议 尼特
系统要求
增强
URL https://github.com/yoseflab/mpranalyze
BugReports https://github.com/yoseflab/mpranalyze
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包装档案

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源包 mpranalyze_1.4.0.tar.gz
Windows二进制 mpranalyze_1.4.0.zip(32-和64位)
Mac OS X 10.11(El Capitan) mpranalyze_1.4.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/mpranalyze
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:包装/mpranalyze
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/mpranalyze/
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