此软件包适用于生物导体的3.10版;对于稳定的最新版本,请参阅mpranalyze。
生物导体版本:3.10
Mpranalyze提供了统计框架,用于分析由大规模平行的报告基因测定(MPRA)生成的数据,用于直接测量增强子活性。Mpranalyze可用于定量增强剂活性,主动增强子的分类以及条件之间增强剂活性的比较分析。mpranalyze构建了一对嵌套的广义线性模型(GLM),以将DNA和RNA观测值与各种实验设计和条件相关联,并提供一组严格的统计睾丸方案。
作者:Tal Ashuach [AUT,CRE],David S Fischer [AUT],Nir Yosef [CTB],Fabian J Theis [CTB],
维护者:tal aShuach
引用(从r内,输入引用(“ mpranalyze”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 3.6”)并输入:
if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ mpranalyze”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
Browsevignettes(“ mpranalyze”)
html | R脚本 | 用mpranalys分析MPRA数据 |
参考手册 | ||
文本 | 消息 |
生物浏览 | 蜂窝基,,,,细胞生物学,,,,差异性,,,,基因表达,,,,免疫学,,,,测序,,,,软件,,,,统计信息 |
版本 | 1.4.0 |
在生物导体中 | Bioc 3.8(R-3.5)(1。5年) |
执照 | GPL-3 |
要看 | |
进口 | 生物比较, 方法,进步,统计总结性特征 |
链接 | |
建议 | 尼特 |
系统要求 | |
增强 | |
URL | https://github.com/yoseflab/mpranalyze |
BugReports | https://github.com/yoseflab/mpranalyze |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | mpranalyze_1.4.0.tar.gz |
Windows二进制 | mpranalyze_1.4.0.zip(32-和64位) |
Mac OS X 10.11(El Capitan) | mpranalyze_1.4.0.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/mpranalyze |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:包装/mpranalyze |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/mpranalyze/ |
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