MEDIPS

DOI:10.18129 / B9.bioc.MEDIPS

此包适用于Bioconductor 3.10版本;有关稳定的最新发布版本，请参见MEDIPS．

DNA IP-seq数据分析

Bioconductor版本:3.10

MEDIPS是用于分析甲基化DNA免疫沉淀(MeDIP)实验和测序(MeDIP-seq)的数据。然而，MEDIPS为任何类型的定量测序数据(如ChIP-seq, MBD-seq, CMS-seq等)的分析提供了功能，包括计算样本组间的差异覆盖率和饱和度以及相关性分析。

作者:卢卡斯·查韦斯，马蒂亚斯·林哈德，约恩·迪特里希，艾萨克·洛佩兹·莫亚多

维护者:Lukas Chavez

安装

要安装这个包，启动R(版本“3.6”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“MEDIPS”)

PDF	R脚本	MEDIPS
PDF		参考手册

细节

biocViews	ChIPSeq，CopyNumberVariation，报道，CpGIsland，DNAMethylation，DifferentialExpression，遗传学，GenomeAnnotation，微阵列，预处理，质量控制，SequenceMatching，测序，软件，可视化
版本	1.38.0
在Bioconductor	BioC 2.7 (R-2.12)(9.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (>= 3.0)，BSgenome，Rsamtools
进口	GenomicRanges，Biostrings、图形、gtools，IRanges，方法，统计，utils，刨边机，DNAcopy，biomaRt，rtracklayer，preprocessCore
链接
建议	BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，MEDIPSData，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	MEDIPS_1.38.0.tar.gz
Windows二进制	MEDIPS_1.38.0.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	MEDIPS_1.38.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/MEDIPS
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/MEDIPS
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/MEDIPS/
软件包下载报告	下载数据